Националният антропологичен музей е създаден през март 2007 г. и е една от най-новите структури на БАН. Неговото съществуване е тясно свързано с делото на проф. Йордан Йорданов – водещ антрополог, специалист по възстановяване на лице по череп. Експозицията представя образите на хора, населявали българските земи от древността до наши дни, включително възстановки на българските царе Калоян и Самуил. В музея се провеждат изследвания върху болестите по костите и древните лечебни практики, като се излагат и артефакти като средновековни скалпели. Музеят предлага уникален поглед към физическата еволюция и здравето на населението през вековете, комбинирайки научен анализ с визуална реконструкция на историческата памет.