РПНМ-Пловдив е водещ център за екологично образование, известен с най-модерните си експозиционни модули. Неговият Аквариум е най-големият сладководен такъв в България, разположен на 100 кв. м. и дом на над 170 вида риби. Музеят разполага с първия в Пловдив и първия публичен дигитален планетариум в страната, открит през 2015 г. Експозицията е разгърната в зали като „Минерали“, „Палеонтология“, „Ботаника“ и „Тропик“ (зала с живи пеперуди). Сред уникалните експонати са 84-милионният амонит и гигантската мечка от Рила. Диорамите във фоайето и залите пресъздават местообитанията на видовете с изключителна точност. Музеят е иновативен в представянето на биоразнообразието чрез модерни аудио-визуални средства и интерактивни витрини.